Non seulement sa faune est exceptionnelle (cf. les articles qui lui sont consacrés) mais il recèle une forêt et une flore fragiles :

Déboisé du XVIè au XIXè siècles (défrichements, coupes abusives au profit de l’arsenal et de la population , pâturages surexploités, incendies (volontaires et naturels) , le Faron a été transformé en montagne pelé à son sommet : ‘un caillou’. Il a fallu la détermination sur plusieurs décennies d’élus, de botanistes, de jardiniers, de responsables des Eaux et Forêts, pour que la végétation reprenne ses droits sur le Faron. Parmi ces hommes, retenons Emile Vincent, sous-inspecteur des Eaux et Forêts, qui se retrouva investi de la direction des travaux de reboisement du Faron. Entre 1865 et 1882, 364 hectares furent reboisés en Pins d’Alep. Un travail de titan qui aurait été effectué, selon la légende, par les bagnards de Toulon. En réalité, il s’agissait d’ouvriers qui creusaient dans le roc, à la barre à mine, une multitude de trous destinés à accueillir les graines de pins. Des espèces différentes étaient disposées simultanément dans le même potet afin de créer une couverture végétale le plus vite possible. Pendant la guerre de 1870 les travaux ne furent pas interrompus. Des essences exotiques diverses firent l’objet d’essais, dont 40 eucalyptus globuleux d’origine australienne, plantés vers le Trou du Grand-Duc. Notons qu’à l’époque, du fait de l’absence de surveillance, certains habitants venaient abattre clandestinement les arbres à coups de hache…

Cette forêt mérite d’être entretenue et renouvelée.

La végétation est variée. On y trouve les principales essences méditerranéennes : Des arbres (pin, olivier, chêne, cèdre, caroubier), des arbustes (arbousier, cadier, alurier), des plantes à fleur (chèvrefeuille, valériane, lin), quelques variétés de champignons et des plantes rares ou très rares.

Il offre des richesses archéologiques, recensées dans une étude de 1978 de Madame H. Barge (CNRS)

Enfin c’est un site d’ une beauté sauvage : Le Faron a une personnalité propre, il occupe une grande place dans la topographie toulonnaise ainsi que dans l’esprit et le cœur de ses habitants.